憲法與基本法的關係不僅是重大理論問題，也是重大實踐問題。關於憲法與基本法的關係，一直以來存在不同觀點。憲法規定了國家實行的制度及政制架構，而基本法主要就某一特別行政區實行的制度及政制架構加以規定，基本法的主要內容是對國家組成部分的特別行政區實行的制度進行安排。就地位而言，憲法與基本法的關係是主體與附屬的關係。有種觀點認為基本法是憲法的特別法，即把憲法與基本法的關係確定為一般法與特別法的關係，這種觀點實質上也是把基本法作為特別行政區的憲法。如果基本法作為憲法的特別法，就不僅排除了憲法中與基本法不一致條款在特別行政區的實行，也排除了憲法中那些與特別行政區相關、但基本法沒有做出特別規定的條款在特別行政區的實行，顯然是不當的。
長期以來對於“一國兩制”的理解上，“兩制”得到充分的重視，而忽視了“一國”，這在很大程度上是沒有正確認識憲法與基本法關係的結果，誤認為憲法與特別行政區沒有直接關係。其實，港澳自回歸之刻起，其憲法秩序就發生了根本變化，中華人民共和國憲法的效力覆蓋香港和澳門兩個特別行政區，即使憲法某些條款不適用於特別行政區。不久前香港個別候任議員在宣誓時提出“港獨”主張，不僅違反了基本法，也違反了憲法。因此，反對“港獨”不僅是香港特別行政區政府的憲制責任，也是中央政府的憲制責任。針對香港立法會個別候任議員在宣誓中出現的違法現象，全國人大常委會專門對香港基本法第104條作出解釋，明確《香港基本法》第104條規定相關公職人員“就職時必須依法宣誓”具有的含義。此次釋法表明，中央政府絕不允許任何人在香港從事任何分裂國家的活動，也絕不允許“港獨”分子進入特別行政區的政權機關。
總之，通過釐清憲法和基本法的關係，明確憲法在港澳特別行政區亦具有最高法律地位，強調與特別行政區有關的憲法規範、只要基本法沒有做出特別規定都適用於特別行政區，是非常必要的，也是非常重要的。這有利於消解“一國兩制”實踐出現的爭議，並最大程度減少只重視“兩制”而忽視“一國”的現象。