消費卡經澳門通進行交易，社會關注澳門通系統運作及消費卡手續費率？經濟局長戴建業表示，澳門通消費卡系統獨立於移動消費系統，系統經測試可放心；第二期消費卡補貼計劃澳門通將向商戶收取0.5%為上限手續費。
兩系統互不關聯
戴建業表示，第一期消費補貼計劃其利用消費卡運作，運作交易過程中沒有受任何影響；至於澳門通移動支付系統在升級過程出現狀況，金管局已責成澳門通做好相關改善工作，強調兩系統互相不關聯，澳門通的消費卡系統獨立於移動支付系統，且已做好相關測試，可放心。
首期踐諾無收費
手續費方面，第一期消費補貼計劃澳門通承擔製卡、軟硬件和人員等開支，並向社會承諾將手續費回饋中小企及居民，沒有收取任何手續費，其已履行承諾，像返還中小企手續費；百人以上大企業手續費透過消費回贈，隨機立減等回饋消費者。
費率與商戶協議
配合第二期消費補貼計劃工作，澳門通在加值、發卡、使用、後勤支援等增加人手，涉及各項開支，有一定負擔。考慮保持經營需要足夠收益，當局與澳門通商討後，澳門通表示願意在第一期基礎上提供手續費優惠，即會向商戶收取部分交易費，但其餘將回饋商戶及消費者。暫定會以0.5%手續費作為上限，具體費率視乎澳門通與商戶的協議。0.5%以上則會全數回饋中小企。