第二輪消費卡補貼計劃，澳門通將向商戶收取0.5%的手續費。有商戶表示，全免最好，但0.5%收費亦合理。另有商戶指，不會把第三方收取手續費轉嫁至消費者身上。
餐飲業聯合商會會長陳澤武指出，企業經營有成本，其他信用卡交易時也需收取手續費。只要澳門通與商戶協調好，相信收費問題不大。商會至今未收到有商戶反映相關手續費過高的情況。
有中小企商戶負責人認為0.5%手續費屬合理區間，對比澳門通正常收取的1-1.2%手續費已有相當的折扣優惠。該筆手續費主要用作補充日常開支成本，包括機具、人手、技術更新等。考慮到電子支付的迅速發展對澳門社會發展整體有利，也有助商戶在處理帳目上更方便，因此0.5%手續費其實可以接受。手續費用全免固然是最好，更有利商戶經營。
另外，第二輪消費卡即將推出，站在商戶角度，希望居民可理性消費，盡量把五千元金額攤分更長時間使用，對商戶經營會更有利，也令經濟環境更平衡。若首兩輪消費卡對提振內需巿場起到一定幫助，建議政府不妨考慮推出第三輪消費補貼。
有零售商戶負責人李先生表示，在首輪消費卡前已安裝電子支付工具，第二輪消費卡收取0.5%手續費公道，畢竟系統運作、維護要成本，耗用一定人力物力。電子支付交易手續費普遍都在1%以上，收取0.5%算是合理。電子支付大勢所趨，安裝機具對企業運作亦有幫助，不用準備零錢、免去找續、入數，快捷方便。但強調，不會因第三方所收取的交易手續費，把成本轉嫁至消費者。消費者對價格敏感，加價“一兩文”都知，無謂因小失大。消費卡完結後仍會繼續使用電子支付。但由於每家公司、銀行機具都不一樣，倘店舖地方細，設置不同機具會防礙做生意，希望政府及業界商討，把各種支付模式統一在一部機具。同時，為避免出錯，交易後最好有聲控提示商戶和消費者。